De kosten van het slaaponderzoek en de eventuele behandeling worden vergoed vanuit de basisverzekering. Wel wordt het onderzoek eigen risico belast, net zoals in het ziekenhuis.
Indien Ksyos een contract heeft met de zorgverzekeraar van de patiënt, stuurt Ksyos de factuur rechtstreeks naar de zorgverzekeraar. In dit geval vergoedt de zorgverzekeraar 100% van het gefactureerde bedrag. Ksyos heeft contracten met, Zorg & Zekerheid, VGZ, ENO, ONVZ, Caresq, ASR en DSW. Indien de zorgverzekeraar van de patiënt geen contract met ons heeft, vergoedt de zorgverzekeraar 65% tot 100% van het gefactureerde bedrag. De patiënt ontvangt dan na het onderzoek een factuur van Ksyos. Deze dient de patiënt zelf in te dienen bij zijn zorgverzekeraar. Ksyos zal het verschil tussen het factuurbedrag en dat wat de zorgverzekeraar aan de patiënt vergoedt, voor haar eigen rekening nemen. De patiënt betaalt dus alleen het openstaand eigen risico.